La administración de Trump dice que ha reunido a más de 1,800 niños migrantes con familiares para una fecha límite ordenada por un tribunal.
Pero más de 700 niños no son «elegibles» para reunirse, incluidos 431 con padres que ya no están en los Estados Unidos.
Las autoridades estadounidenses separaron a más de 2.500 niños de adultos indocumentados.
El gobierno de los Estados Unidos instituyó la política en una campaña de «tolerancia cero» contra la inmigración ilegal en la frontera con México.
378 niños que fueron liberados en «circunstancias apropiadas» incluyen a aquellos reunidos con padres que ya estaban fuera de la custodia del gobierno, aquellos enviados a otro familiar o amigo de la familia, y aquellos que ahora tienen más de 18 años.
De los 711 considerados inelegibles, 120 padres de niños habían «renunciado a la reunificación», dijo el gobierno el jueves por la noche.
Docenas más permanecen separados en situaciones en las que el niño podría estar en riesgo.
La jueza federal de San Diego, Dana Sabraw, dictaminó el mes pasado que todos los menores detenidos separados en virtud de la política deben ser devueltos a sus familias antes del 26 de julio.
Pero la Unión Estadounidense de Libertades Civiles (ACLU, por sus siglas en inglés), que demandó al gobierno por la política, dijo que los funcionarios estadounidenses sólo habían cumplido «un plazo definido por ellos mismos».
El abogado de la ACLU, Lee Gelernt, dijo a los periodistas: «El gobierno no debería estar orgulloso del trabajo que están haciendo en la separación. Este es un desastre que crearon».
La organización dijo que trataría de rastrear a los cientos de padres que ya no están en los Estados Unidos.
La administración Trump a principios de este mes reunió a más de 100 niños migrantes menores de cinco años con sus padres, aunque no cumplió con el plazo ordenado por la corte para hacerlo.
Se dijo que 57 de estos jóvenes estaban de vuelta con sus familias, aunque otros 46 fueron considerados no elegibles debido a preocupaciones de seguridad, deportaciones de los padres u otros problemas.
El presidente de los Estados Unidos, Donald Trump, detuvo las separaciones familiares a fines de junio luego de que las imágenes de niños encerrados y el sonido de ellos gritando angustiados provocaron un escándalo.
Pero el proceso de reuniones ha resultado caótico, con algunos niños transportados para ver a sus padres sólo para terminar en sus refugios después de descubrir que sus seres queridos no estaban en el lugar.
Las familias fueron detenidas luego de ingresar ilegalmente a los Estados Unidos, mientras que otras reclamaron asilo en los cruces fronterizos, citando la violencia en sus países de origen, El Salvador, Guatemala y Honduras.
Los niños fueron enviados a varios centros de atención en todo el país, mientras que los adultos fueron retenidos en centros de detención o prisiones.
De acuerdo con un informe presentado por el gobierno y la Unión Estadounidense de Libertades Civiles el lunes, al menos 879 padres se habían reunido hasta el momento con sus hijos.
El martes, la ACLU presentó otra moción para retrasar las deportaciones de cualquier padre durante una semana después de reunirse con sus hijos.
Los padres con una orden de expulsión final tienen 48 horas para decidir si quieren dejar Estados Unidos en familia o dejar que sus hijos se queden y busquen asilo. La ACLU quiere que los padres tengan más tiempo para considerar opciones legales.
Pero los abogados del gobierno de Estados Unidos instaron a la corte a permitir una deportación más rápida, diciendo que cualquier demora prolonga la detención de los inmigrantes y menciona el costo de las viviendas para las familias.
El juez Sabraw retrasó una decisión sobre la moción de ACLU hasta el viernes.
